Les intégrons comme marqueurs de pollution anthropique dans l'environnement

Discipline

Santé publique, épidémiologie, environnement et sociétés

Classification

Sciences de la vie, biologie, biochimie,

Médecine et santé

Mots-clés libres

Intégrons, Cassettes, Environnement, Effluents, Poissons

Mots-clés

Poissons -- Effets de la pollution de l'eau,

Résistance aux antibiotiques

La résistance aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. Il est aujourd’hui nécessaire d’y lutter de façon globale, aussi bien chez l’Homme, que chez l’animal ou dans l’environnement (concept « One Health »). Parmi les éléments impliqués dans la résistance, les intégrons jouent un rôle clé. Ce sont des éléments génétiques bactériens capables de capturer et d’exprimer des gènes de résistance sous forme de cassettes et on les distingue selon plusieurs classes. Dans l’environnement, les intégrons de classe 1 sont considérés comme un bon marqueur de la pollution anthropique et ils sont souvents utilisés pour étudier les disséminations des résistances ; néanmoins, leur contenu en cassettes (ou « cassettome ») est peu connu. Dans la première partie de ce travail de thèse, nous avons étudié les « cassettomes » des intégrons dans des effluents de centres de soins de la région Nouvelle-Aquitaine et montré qu’ils étaient stables dans le temps et semblables entres eux malgré de grosses différences d’activité de soins entre les établissements. Les « cassettomes » étaient constitués majoritairement de gènes de résistance aux aminosides et aux β-lactamines, ces derniers étant les principaux antibiotiques délivrés dans le milieu hospitalier. Nous avons également caractérisé les « cassettomes » d’effluents d’abattoirs et montré que les « cassettomes » des intégrons de classe 1 étaient différents de ceux des effluents de centres de soins. La deuxième partie de ce travail de thèse a montré des prévalences différentes d’intégrons dans des souches d’Aeromonas infectant/colonisant des poissons soumis à différentes pressions de sélection antibiotique. Nous avons montré que les intégrons sont plus prévalents dans des populations de poissons soumises à une pression de sélection antibiotique plus forte et que leur contenu en cassettes était peu variable. Il ressort de nos travaux que les intégrons et plus spécifiquement les « cassettomes » sont de bons marqueurs dans l’environnement pour premièrement différencier les différents types d’effluents entre eux (centres de soins versus abattoirs) et deuxièmement pour refléter une pression de sélection exercée sur les animaux que sont les poissons.