Ouvrir cette fenêtre en pleine page
  • Imprimer
  • Partager
    • Courriel
    • Twitter
    • Facebook
    • del.icio.us
    • Viadeo
    • LinkedIn

Construction efficace de géométrie pour l'analyse structurelle de grands systèmes moléculaires

(Document en Français)

Accès au(x) document(s)

Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse consultable sur internet, en texte intégral.
  • Accéder au(x) document(s) :
    • https://www.theses.fr/2024LIMO0075/abes
    • https://theses.hal.science/tel-04906696
    Ce document est protégé en vertu du Code de la Propriété Intellectuelle.

Informations sur les contributeurs

Auteur
Plateau-Holleville Cyprien
Date de soutenance
21-11-2024

Directeur(s) de thèse
Mérillou Stéphane - Maria Maxime
Président du jury
Barthe Loïc
Rapporteurs
Digne Julie - Lévy Bruno
Membres du jury
Lagarde Nathalie - Sarton Jonathan

Laboratoire
XLIM - UMR CNRS 7252
Ecole doctorale
École doctorale Sciences et Ingénierie (Limoges ; 2022-)
Etablissement de soutenance
Limoges

Informations générales

Discipline
Informatique
Classification
Chimie, minéralogie, cristallographie

Mots-clés libres
Visualisation Scientifique, Surfaces moléculaires, Diagrammes de Voronoi, Diagrammes d'Apollonius, Géométrie algorithmique, GPGPU
Mots-clés
Dynamique moléculaire,
Géométrie -- Informatique,
Structure moléculaire,
Biochimie
Résumé :

L'étude structurelle de complexes moléculaires est nécessaire à la compréhension de leurs fonctionnements, mais aussi leur analyse à travers leur visualisation et illustration. La Surface Exclue au Solvant (SES) représente implicitement l'interaction entre un corps moléculaire et un solvant ce qui permet d'analyser géométriquement certaines de ses propriétés. Cette surface reste cependant complexe à construire notamment pour des structures de grandes tailles. Dans cette thèse, nous présentons ainsi une méthode de calcul sur GPU de la SES de grandes protéines. Les diagrammes d'Apollonius, ou diagrammes de Voronoï additivement pondérés, peuvent servir à étudier la structure des protéines, mais aussi construire la SES efficacement. Nous présentons une caractérisation mathématique de ces diagrammes permettant leur analyse et leur paramétrisation pour un calcul naïf, mais exhaustif, de leur géométrie. Enfin, sur la base de notre étude, nous proposons une méthode de calcul GPU de diagrammes d'Apollonius dans ℝ3 compatible avec des protéines de grandes tailles, mais aussi avec des distributions spatiales homogènes. Cette stratégie supporte les particularités des diagrammes d'Apollonius et permet le calcul exhaustif de leurs composantes.

Informations techniques

Type de contenu
Text
Format
PDF

Informations complémentaires

Entrepôt d'origine
STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant
2024LIMO0075
Numéro national
2024LIMO0075

Pour citer cette thèse

Plateau-Holleville Cyprien, Construction efficace de géométrie pour l'analyse structurelle de grands systèmes moléculaires, thèse de doctorat, Limoges, Université de Limoges, 2024. Disponible sur https://aurore.unilim.fr/ori-oai-search/notice/view/2024LIMO0075