Identification des mycobactéries non tuberculeuses par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF et par séquençage des gènes rpoB et hsp65 : validation de méthode

Discipline

Pharmacie

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Mycobactéries atypiques - Thèses et écrits académiques,

Spectroscopie de masse - Thèses et écrits académiques

Le genre Mycobacterium regroupe de nombreuses espèces impliquées en pathologie humaine, notamment Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose. Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) sont des pathogènes opportunistes de l’Homme, le plus souvent responsables d’infections respiratoires sur terrain local favorisant et d’infections disséminées chez l’immunodéprimé. Ces espèces sont très diverses, tant sur le plan de leur pouvoir pathogène que de leur sensibilité aux anti-infectieux. La prise en charge des infections à MNT est un véritable enjeu compte-tenu de l’augmentation de la population à risque. La décision d’instaurer un traitement ainsi que le choix des molécules reposent sur l’identification de l’espèce, qui doit donc être rapide et fiable. Cependant, les techniques jusqu’ici disponibles au CHU de Toulouse ne permettent d’identifier qu’un nombre restreint d’espèces. L’objectif de ce travail est de mettre en place et valider deux méthodes d’identification des MNT : la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF et le séquençage de deux gènes, rpoB et hsp65. Nous avons utilisé un panel commun de 22 souches identifiées par des techniques de référence. Les performances des deux techniques mises en place sont satisfaisantes et répondent aux exigences de la norme NF EN ISO 15189 relative aux laboratoires de Biologie Médicale permettant leur mise en routine au laboratoire. Ces techniques interviendront en complément de celles déjà disponibles.