Détermination des conditions pré analytiques et analytiques optimales pour la recherche des mutations d’EGFR sur l’ADN tumoral circulant dans les cancers pulmonaires

Discipline

Anatomie et Cytologie Pathologiques

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

ADN tumoral - Thèses et écrits académiques,

Gènes erbB-1 - Dissertation universitaire,

Séquençage à haut débit - Thèses et écrits académiques

Introduction : L’étude des mutations d’EGFR est nécessaire pour déterminer la prise en charge thérapeutique dans les cancers pulmonaires localement avancés ou métastatiques. L’utilisation de l’ADN tumoral circulant permet d’éviter des prélèvements invasifs. L’objectif de cette étude était de déterminer les conditions pré-analytiques et analytiques optimales pour la recherche des mutations d’EGFR L858R et T790M sur l’ADN tumoral circulant. Méthode : La longévité de conservation des tubes EDTA et Roche a été comparée par pyroséquençage ; puis les méthodes d’analyses : ARMS, Cobas, NGS et ddPCR ont été comparées au moyen des standards de références commerciaux Horizon. Enfin les méthodes déterminées comme les plus sensibles ont été utilisées pour analyser les biopsies liquides et tissulaires de 10 patients ayant récidivés sous ITK pour lesquels la mutation T790M n’avait pas été détectée initialement par nos techniques de routine. Résultats : Les tubes Roche ont permis une détection de la mutation L858R de manière stable jusqu’à J3 contrairement aux tubes EDTA. La ddPCR et le NGS, avec panel Oncomine ciblé sur le poumon, étaient les seules techniques permettant une détection de la mutation T790M à une fréquence allélique de 0,1%. La ddPCR a permis de mettre en évidence cette mutation T790M chez 4 de nos 10 patients initialement négatifs. Discussion : La meilleure sensibilité avec les tubes Roche est liée à la présence d’un conservateur cellulaire qui limite la lyse des globules blancs et le relargage de leur contenu en ADN génomique. La ddPCR cumule à la fois une sensibilité de détection jusqu’à 0,1 % de fréquence allélique pour la mutation T790M et une rapidité de rendu des résultats. Cette technique a permis d’améliorer notre fréquence de détection de la mutation T790M, avec pour 4 des 10 patients une indication à un traitement par ITK de 3ème génération.