Analyse des anomalies chromosomiques et des gènes du cycle cellulaire dans une série de 32 chordomes

Discipline

Neurochirurgie

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Chordome,

Séquençage à haut débit,

Hybridation génomique comparative

Introduction : Le chordome est une tumeur rare affectant principalement le clivus et le sacrum avec un taux de récidive important. Une élévation des index mitotique et Ki67 sont des facteurs péjoratifs et traduisent une activation du cycle mitotique. Dans une série de chordomes, nous avons recherché des anomalies chromosomiques et des altérations génétiques avec un panel de gènes impliqués dans la régulation du cycle cellulaire. Ces résultats ont été corrélés aux données générales (sexe, localisation) et histopathologiques. Matériel et méthodes : 32 chordomes ont été analysés par Hybridation Génomique Comparative array (aCGH) et par Next Generation Sequencing (NGS) avec un panel de 84 gènes du cycle cellulaire. Résultats : 28 tumeurs étaient localisées au niveau du clivus et 4 au niveau du sacrum. La moyenne d’âge des patients était de 51,75 ± 14,57 ans [20–74] avec 21 hommes (59 %). Dans 22 cas (68,75 %), il s’agissait de tumeurs primitives. L’analyse par aCGH a montré des délétions concernant les chromosomes 1p, 3, 4, 9, 10, 13q, 14q, 15q, 18, 19 et 22q. Les gains, moins fréquents, portaient sur les chromosomes 1q, 5, 7, 8, 12, 13, 17, 19, 20 et 21q. Nous avons retrouvé une association significative entre le statut tumoral et la délétion des loci 9p24 (p=0,023), 9q21 (p=0,045), 9q31 (p=0,031), 9q33 (p=0,025) mais aussi entre la localisation au niveau du clivus et la duplication 7q31 (p=0,031). Nous avons également retrouvé une association significative entre les atypies nucléaires de grade 2-3 et la délétion du locus 9p21 (p=0,039), entre le type histologique classique et chondroïde et la duplication du locus 1q23 (p=0,036) et entre l’index Ki67 > 5 % et la duplication 1q41 (p=0,037). Le sexe masculin était significativement associé avec une duplication 8p23.2 (p=0,043). L’analyse NGS a mis en évidence des variants CDKN1A c.*20C>T, PPP2R3B c.457G>A et PPP2R3B n.-84G>A non rapportés dans les chordomes. Leur présence était également liée aux types classique et chondroïde (p=0,01). Une association significative a été retrouvée entre la présence du variant CDKN2B n.-3C>A et le sexe. Conclusion : Les analyses chromosomique et moléculaire pourraient être utiles afin d’établir une classification histomoléculaire. L’intérêt pronostique de nos résultats reste à être évalué.