Décrypter les répertoires d’immunoglobulines dans la néphropathie à IgA : approches innovantes en séquençage haut débit et protéomique

Discipline

Pharmacie

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Glomérulonéphrite mésangiale,

Spectrométrie de masse,

Séquençage à haut débit,

Protéomique

L'exploration des répertoires d'Ig a été facilitée par les technologies NGS, permettant d'identifier des répertoires caractéristiques associés à des profils immunitaires spécifiques. Cette approche est particulièrement pertinente pour la néphropathie à IgA, où les variations des répertoires d'Ig influencent leur capacité à se déposer dans les tissus. Nous avons comparé les technologies de séquençage Illumina® et Oxford Nanopore®. Bien que nos résultats soient préliminaires, la technologie Oxford Nanopore® a permis d’obtenir des répertoires d'une qualité comparable à ceux obtenus par Illumina®, tout en offrant l’avantage de séquencer les chaînes d'Ig dans leur intégralité, incluant les domaines variables et constants. L'étude des répertoires d'IgA1 chez les patients atteints d’IgAN a révélé une utilisation accrue de la famille de gènes VH3 et une diminution de VH1 par rapport aux volontaires sains, ainsi qu'un enrichissement de l'allèle VH4-39 dans environ 40 % des clonotypes partagés. Nous avons également observé une hydrophobicité, un indice aliphatique plus élevés ainsi qu’une charge moyenne plus faible dans la région FR1 des IgA1, des caractéristiques nécessitant des investigations complémentaires. L'analyse des IgA des dépôts tissulaires par spectrométrie de masse a montré des correspondances limitées avec les séquences sériques, probablement dues aux défis techniques liés à la préparation des échantillons et à la petite taille de l'échantillon. En conclusion, cette étude démontre le potentiel de la technologie Oxford Nanopore® pour l'analyse des répertoires d'Ig dans la néphropathie à IgA et ouvre la voie à l'utilisation d'outils innovants et complémentaires pour explorer d'autres pathologies impliquant des Ig pathogènes, contribuant ainsi à une meilleure compréhension de leur physiopathologie.