Mise au point d'une PCR en temps réel multiplex pour la détection des 3 classes d'intégrons de résistance aux antibiotiques

Discipline

Pharmacie

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Intégrons - Thèses et écrits académiques,

Réaction en chaîne de la polymérase - Thèses et écrits académiques,

Résistance aux antibiotiques - Thèses et écrits académiques

L’objectif principal de nos travaux était de mettre au point une technique capable de détecter rapidement et de façon spécifique des intégrons de résistance non seulement au sein de souches bactériennes, mais aussi au sein d’environnements génétiques plus complexes. Nos travaux ont permis de développer une technique de PCR en temps réel multiplex qui répond à ces différents critères. Sa sensibilité est de 102 copies pour chacun des gènes recherchés. Elle a été validée pour des gammes de concentration allant de 107 à 102 copies de chacun des gènes, avec de très bonnes reproductibilité et efficacité d’amplification. Elle s’est révélée spécifique du gène cible et n’a pas été prise en défaut à la fois en présence d’une autre intégrase, ni en présence d’extraits d’ADN de bactéries dénuées d’intégrons et d’extraits d’ADN non bactériens. Il s’agit par ailleurs d’une méthode très rapide qui permet de rendre un résultat en quelques heures. L’application de notre technique sur des souches de bactéries à Gram négatif isolées d’hémocultures a montré une prévalence des intégrons de 16,3 %. La prévalence au sein des entérobactéries, seules espèces de l’étude hébergeant un intégron, est de 21,6 %. Ce chiffre semble légèrement supérieur aux données de la littérature, tout en sachant que notre étude a porté sur des germes isolés dans un service de soins intensifs où les patients sont soumis à une forte pression de sélection antibiotique. Un lien statistique significatif a été montré entre la présence d’intégrons et l’acquisition d’une résistance à au moins un antibiotique : l’association est très significative pour la résistance acquise aux pénicillines et au cotrimoxazole. L’application avec succès de la technique directement sur des prélèvements biologiques constitue une approche intéressante de détection précoce des résistances.