Intégrons de résistance et pression de sélection antibiotique

Discipline

Biologie Sciences Santé

Classification

Médecine et santé

Mots-clés libres

intégrons, bactéries, résistance aux antibiotiques, appareil digestif

Mots-clés

Intégrons - Dissertations académiques,

Résistance aux antibiotiques - Thèses et écrits académiques,

Appareil digestif - Thèses et écrits académiques

Les intégrons sont des éléments génétiques bactériens de capture et d'expression de gènes sous forme de cassettes. Ils sont très répandus, majoritairement au sein des bactéries à Gram négatif (BGN). Les intégrons de résistance (IR) jouent un rôle majeur en bactériologie médicale en raison de leur capacité de recrutement et d'expression de gènes de résistance aux antibiotiques. L'objectif de ce travail de thèse était d'analyser les effets de la pression de sélection antibiotique sur les IR, d'un point de vue mécanistique sur les réarrangements de cassettes et d'un point de vue plus appliqué sur le portage digestif d'IR. Une première partie du travail à consister à réaliser des expériences de pression de sélection maîtrisée sur une souche d'Escherichia coli portant un IR synthétique avec 4 cassettes de résistance ; une seconde partie s'est attachée, grâce à la mise au point d'une technique de qPCR, à détecter les IR dans des environnements complexes soumis à des pressions de sélection antibiotique (tube digestif de patients hospitalisés, bactéries isolées d'effluent hospitalier ou de prélèvements cliniques) en se focalisant sur le lien entre IR et résistance aux antibiotiques afin d'évaluer la valeur prédictive des IR en tant que biomarqueurs. Pour la partie fondamentale, nos travaux ont montré, dans notre modèle, que l'intégrase était capable, sans être surexprimée, d'assurer des réarrangements de cassettes au sein d'un IR de façon à conférer à la bactérie une plus grande résistance à l'antibiotique qui exerçait la pression. Nos travaux appliqués ont permis de décrire de nouveaux IR au sein de bactéries et ont montré un effet de la pression de sélection antibiotique sur le portage digestif en IR. Le lien IR - résistance aux antibiotiques a été confirmé. Les IR semblent être un marqueur prometteur de la résistance aux antibiotiques chez les BGN, notamment en termes de valeur prédictive négative.