Recherche de mouvements de cassettes d'intégrons in vivo : étude chez le patient intubé ventilé et chez le patient atteint de mucoviscidose

Discipline

Médecine interne

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Intégrons - Dissertations universitaires,

Pseudomonas aeruginosa - Thèses et écrits académiques,

Résistance aux antibiotiques - Thèses et écrits académiques

Introduction : Les intégrons de résistance sont des structures génétiques bactériennes capables d’acquérir et d’exprimer des gènes de résistance aux antibiotiques sous forme de cassettes ; portés par des plasmides ou des transposons, ils jouent un rôle majeur dans la dissémination de l’antibiorésistance, notamment en médecine hospitalière. L’objectif principal de cette étude était de mettre en évidence d’éventuels réarrangements de cassettes au sein de réseaux de cassettes d’intégrons chez un même patient au cours du temps. Les objectifs secondaires étaient la détermination des caractéristiques clonales des souches étudiées et l’analyse des gènes de résistance acquis hors réseaux de cassettes d’intégrons. Matériel et méthodes : Les génomes de 28 souches de Pseudomonas aeruginosa hébergeant un ou plusieurs intégron(s) de classe 1, provenant de 10 patients du CHU de Limoges (6 patients intubés sous ventilation mécanique, 4 patients atteints de mucoviscidose) ont été séquencés par séquençage haut débit (NGS). Les réseaux de cassettes ont été caractérisés par analyse bioinformatique. La détermination des caractéristiques clonales et la recherche de gènes de résistance hors réseaux de cassettes ont été effectuées via différentes plateformes en ligne. Résultats : Nous n’avons pas mis en évidence de mouvement de cassettes d’intégrons au sein des souches bactériennes provenant d’un même patient au cours du temps. Il n’a pas non plus été observé de modification au sein des gènes de résistance acquis hors réseaux de cassettes. Cependant, nous avons découvert quatre réseaux de cassettes jamais décrit auparavant dans des intégrons de classe 1. Conclusion : Notre étude n’a pas permis de démontrer l’existence de mouvements de cassettes au sein de réseaux de cassettes d’intégrons in vivo, même en situation de forte pression de sélection antibiotique. Néanmoins notre travail valide une méthodologie technique et bioinformatique intéressante et ouvre la voie à des études complémentaires dans le domaine de la génétique bactérienne et de l’hygiène hospitalière.