Analyse prospective par séquençage haut débit de souches de pseudomonas aeruginosa d’origine respiratoire isolées au service de réanimation polyvalente du CHU de Limoges

Discipline

Pharmacie

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Pseudomonas aeruginosa,

Séquençage à haut débit,

Pneumonie acquise sous ventilation mécanique,

Virulence (microbiologie),

Épidémies,

Facteurs R - Dissertation universitaire

Pseudomonas aeruginosa est fréquemment isolé chez les patients hospitalisés dans les services de Réanimation, et peut être responsable de la survenue de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM). L’utilisation du séquençage haut débit (NGS) dans ce contexte permet d’étudier les caractéristiques génomiques des isolats bactériens afin de mieux comprendre la pathogénécité, la virulence et les mécanismes de résistance aux antibiotiques. L’objectif de cette étude monocentrique a été d’analyser par NGS les populations de P. aeruginosa isolées à partir des prélèvements respiratoires des patients hospitalisés dans le service de Réanimation polyvalente du CHU de Limoges de Mars 2019 à Janvier 2022. Soixante-neuf isolats de P. aeruginosa issus de 54 patients ont été séquencés. La caractérisation génomique a permis d’identifier 37 Sequence Type (ST) différents. Au vu du faible nombre de single nucleotide polymorphismes (SNP) entre certains isolats retrouvés chez différents patients, nous avons mis en évidence plusieurs microépidémies au sein du service de Réanimation. L’analyse génomique des facteurs de résistance a été comparée aux résultats des antibiogrammes tandis que les facteurs de virulence identifiés ont été comparés aux données phylogénétiques et aux données cliniques. Les gènes exoU et algP/algR3 codant pour une exotoxine du système de sécrétion de type III et la production d’alginate ont été significativement associés à une plus grande survenue de PAVM.