Etude du rôle des intégrons dans la multirésistance aux antibiotiques des bactéries entéropathogènes isolées en Afrique sub-saharienne

Discipline

Biologie Sciences Santé

Classification

Sciences de la vie, biologie, biochimie,

Médecine et santé

Mots-clés libres

Afrique noire, intégrons, bactéries, antibiotiques

Mots-clés

Bactéries pathogènes - Sénégal - Thèses et écrits académiques,

Résistance aux antibiotiques - Sénégal - Thèses et écrits académiques

Au Sénégal, les diarrhées infectieuses sont la cause d'une forte morbidité et mortalité particulièrement chez les enfants. L'utilisation des antibiotiques a été déterminante dans le traitement des diarrhées bactériennes, mais elle a aussi été à l'origine d'une forte pression de sélection touchant beaucoup d'espèces bactériennes et du développement de résistances aux antibiotiques les plus couramment prescrits car plus accessibles aux populations.La forte antibiorésistance observée chez les bactéries entériques aux molécules les plus souvent utilisées nous a amené à étudier les supports génétiques de ces résistances et plus précisément la caractérisation d'intégrons en précisant leur rôle dans la dissémination de la résistance chez des bactéries entéropathogènes. Les intégrons constituent un système de capture de gènes particulièrement performant sans doute largement responsable de la dissémination des gènes de résistance aux antibiotiques au sein du monde bactérien. Peu d'études ont été réalisées sur les intégrons en Afrique subsaharienne; au Sénégal, aucune étude n'a été réalisée sur ce sujet; ce travail constitue la première étude effectuée chez des bactéries à Gram négatif entéropathogènes, sélectionnées pour leur multirésistance Une meilleure connaissance de la distribution des intégrons chez les souches multirésistantes et de l'organisation de ces intégrons contribuera à mieux comprendre leur évolution et à évaluer leur rôle dans la multirésistance des bactéries entériques.Afin d'évaluer l'importance clinique des intégrons, nous avons étudié la prévalence des intégrons chez des souches de Escherichia coli entéroinvasifs, Escherichia coli entéroaggrégatifs, Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella sonnei, Shigella sp (un nouveau sérotype en cours d'identification) et Salmonella Keurmassar multirésistantes aux antibiotiques, isolées dans différents hôpitaux de Dakar, mais aussi du Centre National Sénégalais des Entérobactéries (CNSE) sis à l'Institut Pasteur de Dakar. Cette multirésitance concerne les bêtalactamines, les aminosides, les cyclines, les sulfamides, le triméthoprime et les phénicolés.Nous avons d'abord étudié la clonalité des souches par des études d'épidémiologie moléculaire (Random Amplified Polymorphic DNA et électrophorèse en champ pulsé), puis nous avons recherché la présence d'intégrons de classe 1, 2 et 3. A l'aide d'expériences de clonage et séquençage, nous avons caractérisé la structure de ces intégrons et leur environnement génétique. Nous avons également cherché à savoir si les résistances aux antibiotiques portées par l'intégron étaient transférables.Au cours de ce travail de thèse, nous avons caractérisé certains intégrons déjà décrits chez des souches bactériennes isolées dans d'autres pays. Ceci suggère que les intégrons, contrairement à ce qu'il avait été écrit dans les premières publications sur le sujet, sont beaucoup plus stables et se propagent entre bactéries via des plasmides ou des transposons. Nous avons d'ailleurs montré que la majorité des intégrons décrits dans ce travail sont portés par des plasmides conjugatifs. Par ailleurs, parmi les intégrons décrits dans ce travail, nous avons caractérisé de nouveaux intégrons, originaux par leur contenu en cassettes ou par leur structure. Un intégron de classe 1 avec un arrangement de deux cassettes décrites une seule fois auparavant dans des intégrons distincts a été caractérisé chez Salmonella Keurmassar. Nous avons aussi décrit pour la première fois des intégrons de classe 2 présentant une région 3' tronquée.Ces travaux ont permis de montrer la grande diversité d'intégrons chez des souches entéropathogènes isolées au Sénégal.