Analyse par séquençage haut débit du microbiome et du résistome dans des urines de patients en sepsis, sepsis sévère ou choc septique

Discipline

Anesthésie réanimation

Classification

Médecine et santé

Mots-clés

Séquençage nucléotidique à haut débit - Dissertations universitaires,

Sepsis - Thèses et écrits académiques

Objectif : Dans les états septiques graves, le choix d’une antibiothérapie précoce et adaptée est compliqué par l’augmentation de l’incidence des bactéries multirésistantes (BMR), notamment pour les bacilles à Gram négatif (BGN). La faisabilité du séquençage haut débit (NGS) en clinique humaine a été peu évaluée. Cette étude a pour objectif d’évaluer l’apport du NGS chez des patients ayant un urosepsis, dans la détection du microbiome et du résistome. Méthodologie : Des urines ont été prélevées chez 40 patients. La culture conventionnelle était soit positive avec un (n=27) ou plusieurs BGN (n=6), BMR ou non, soit polybactérienne (n=3), soit négative (n=4). Après extraction de l’ADN total et déplétion de l’ADN humain, les ADN procaryotes ont été séquencés grâce à la technologie IonProton™. L’analyse bioinformatique a été menée à l’aide du logiciel Geneious® et du site internet Center for Genomic Epidemiology. Résultats : Le NGS a montré une concordance totale pour les prélèvements monobactériens (majoritairement Escherichia coli). Il a aussi permis d’identifier des bactéries responsables de l’urosepsis sur 3 des 4 échantillons à culture négative. Tous les gènes expliquant les phénotypes de résistance acquise ont pu être détectés, notamment ceux conférant un phénotype BMR. Une profondeur d’analyse suffisante était néanmoins requise. Conclusion : L’utilisation du NGS sur des urines est faisable et concordante avec la microbiologie conventionnelle. Les contraintes techniques, l’analyse bioinformatique et le coût restent des obstacles mais le NGS pourrait rapidement devenir une méthode plus rapide pour guider l’antibiothérapie probabiliste des patients septiques.