Identification et caractérisation de promoteurs bidirectionnels au sein du muscle squelettique de l'espèce Bos Taurus

Discipline

Génomique, Génétique moléculaire

Classification

Animaux. Zoologie

Mots-clés libres

Gènes codants, Promoteurs bidirectionnels

Mots-clés

Boeuf domestique - Thèses et écrits académiques,

Génétique animale - Thèses et écrits académiques,

Muscles - Thèses et écrits académiques

Les promoteurs bidirectionnels sont définis comme des régions régulatrices pouvant potentiellement réguler l'expression de deux gènes contigus, situés en orientations opposées. A l'heure actuelle, ce type de promoteur a été identifié chez toutes les espèces étudiées, où il représente entre 5 % à 55 % des promoteurs. Dans ce manuscrit, l' étude se focalise sur l'identification et la caractérisation de promoteurs bidirectionnels responsables d'une co-expression de deux gènes au sein du tissu musculaire bovin. Plus précisément, l'intérêt est porté sur les gènes codants pour des protéines, où suite à une analyse in silico à l'échelle du génome, une analyse du transcriptome a été réalisée par RNA-Seq en vue d'identifier les gènes co-régulés dans le muscle squelettique. Toutefois, cette méthode de quantification étant faussée par certains biais, une méthode de normalisation spécifique a été développée. Une fois les données d'expression corrigées, une étude des fonctions biologiques associées aux paires de gènes co-exprimés a été entreprise, montrant que ces gènes étaient généralement impliqués dans des fonctions cellulaires fondamentales, avec une surreprésentation dans les fonctions associées à la mitochondrie. Onze promoteurs bidirectionnels putatifs ont ensuite été sélectionnés afin d'être analysés dans dans un crible in vitro, dans le but de vérifier que les séquences situées entre les deux gènes étaient nécessaires et suffisantes afin d'engendrer l'expression de deux gènes rapporteurs. Puis, ces séquences ont été analysées en détail afin d'identifier les facteurs potentiellement impliqués dans la transcription. Il en ressort que ces promoteurs bidirectionnels présentent probablement une activité bidirectionnelle tissu-indépendante, en raison de l'implication de nombreux facteurs de transcription ubiquitaires. D'autres part, une étude de la conservation de ces paires de gènes au sein des Vertébrés a révélé une bonne conservation notamment au sein des Mammifères, suggérant la présence d'une pression de sélection maintenant ces différents couples de gènes, et donc une importance d'un point de vue fonctionnel. Pour finir, une caractérisation plus fined'une de ces onze régions régulatrices a ensuite été réalisée, ce qui renforça l'hypothèse d'un vrai promoteur bidirectionnel.